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南风窗
这是一项前无古人的工程。
截至年1月10日，GISAID（全球共享所有流感数据倡议）网站上，来自全球个国家地区，共提交了万份新冠病毒的基因序列。
三年时间，这些序列展示了新冠从原始毒株到奥密克戎变异株的种种细节，描述了全球范围内最精确的病毒进化图景——不在烧瓶，不在实验室，而在每一个人的身上。
如果把每一份序列看作新冠病毒进化史的快照，那么，这万份照片，以每秒24帧的帧率播放，足以制作一部长达个小时的史诗级剧目。
截至年1月15日，GISAID（全球共享所有流感数据倡议）网站上新冠病毒的基因序列已有近万份
在这个漫长而诡谲的故事里，我们会看到，一颗病毒的“种子”，如何长成了眼下这遮天蔽日的参天大树。一些惊心动魄的突变，又如何改写了整个病毒进化的轨迹。
进化树，是用遗传密码写成的历史叙事，是延伸到遥远家族的血统记录。在这个庞杂的发育系统中，我们会找到新冠病毒的过去、当下和未来。
一场革命
在许多方面，病毒像一个大家族。它有巨大而复杂的家庭结构，有很多表兄弟姐妹、姑姑、叔叔、奶奶和爷爷。
就像人类家庭一样，科学家可以为病毒生成家谱，显示每个成员（变体）与其他成员的关系。子女通过分支与父母相连，表兄弟姐妹通过它们的祖父母相连。
对于病毒来说，这些家族树让生物学家了解到病毒是如何随着时间的推移而进化的，以及，在未来会有哪些变化。
在新冠大流行期间，SARS-CoV-2的家谱产生了比任何人的预期都更多的惊诧。一个又一个的害群之马，揭竿而起，统领了整个家族，又迅速被取代，迎来全新的变体，接管了权力的游戏。
新冠病毒家谱
事实上，这不是病毒进化树最初的成长面目。新冠，从一开始就误导了人类，以至于我们对其“发育能力”过于低估了。
年1月10日，科学家们分享了新冠病毒的第一个基因组，这是新冠这棵大树生根发芽的时刻。
那时候一切都是混沌的，没有“SARS-CoV-2”，没有“Covid-19”。这个单一的、神秘的基因组，向世界提醒了一种导致不明肺炎的新型冠状病毒。
此后，各国开始疯狂寻找这种病毒的踪迹。每天都有数以千计的冠状病毒基因组被测序，在阅读这些文字的短短一分钟，就有数个基因组序列诞生。不到一年，上百万序列向全世界公开，成为人类历史上被测序最多的病毒，堪称一场基因组流行病学的革命。
GISAID这样的在线数据库，也得以名声大噪。GISAID是“全球共享流感数据倡议组织”的简称，该组织鼓励全球各地的研究机构实时分享病毒的基因组数据。
有了庞杂的数据，再根据一定规律进行分类和命名，病毒的家族世系就构建起来了。在流行病防备中利用这些信息，掌握病毒的突变率，重组频率、地理传播模式和种群动态等。这对预测病毒的进化行为有着极其重要的帮助。
世卫组织专家建议使用希腊字母来为毒株命名，图为阿尔法、贝塔、德尔塔和奥密克戎
最初，是英国爱丁堡大学的生物信息学家áineOToole创建了一个名为Pango的命名系统。根据这个系统，如果分析表明新的样本来自同一个最近的共同祖先，那就意味着它们是冠状病毒树上的一个独特品系，随后，这些品系会被分配一个字母和数字，例如B.1、B.2等。
随后，世卫组织公布了一个更方便记忆的命名系统，用希腊字母来标记。我们所知的德尔塔和奥密克戎便是由此而来。
有了病毒进化树的构建，我们可以很直观地看到，在年，新冠病毒看上去并没有太大的变化。早期的家族树，看上去有点“乏善可陈”。只有一根树干直冲云霄，没有开枝散叶。
彼时，许多病毒学家认为他们知道病毒将如何演变：缓慢且常规地发展。
毕竟，作为一种RNA病毒，新冠的突变速度其实不快，平均每半个月会出现一个复制错误，比一般流感慢了一半。
再加上，新冠具有一个非结构蛋白NSP14，可以裁切复制出错的部分。这种自我校对功能，理应给新冠一个更稳定的进化环境。
电镜下的冠状病毒/图源：Dr.FredMurphy,CDC
大流行早期，一些病毒学家试图就新冠变体的研究进行拨款申请，无一例外遭到了质疑。马萨诸塞大学的病毒学家JeremyLuban回忆道：“在年3月，我试图写一份研究变种的拨款申请。我不得不说，我得到了很多同事的指责，他们说：“你知道，这种病毒反正不会变异。”
但是，这一年年底，新冠进化树的进程，发生了巨大的变化。突然间，突变加速了。南非和英国的基因测序显示，当地出现的变体，不再像早期变体那样只有几个突变，而是扩展到约20个。后来，它们分别被世卫组织命名为阿尔法和贝塔。
新冠的家族树开始复杂起来。
在主干上长出了一堆变体的分支，不仅有阿尔法和贝塔，还有Gamma、lambda和mu等。而在树的顶端，几十个德尔塔的分支形成了一个广泛的总体树冠。
科学家开始呼吁，基因监控的重点，是要
